ปัจจุบันการรักษาโรคมือ เท้า ปาก เป็นการรักษาตามอาการของโรคที่พบในผู้ป่วย
แยกผู้ป่วยและหาทางป้องกันไม่ให้เกิดการสัมผัสกับผู้ป่วย เด็กที่ป่วยเป็นโรคมือ เท้า ปาก ควรอยู่บ้าน ไม่ออกไปปฏิสัมพันธ์กับผู้อื่น ถ้าพบผู้ป่วยโรคมือ เท้า ปาก ในโรงเรียน ต้องทำการปิดโรงเรียนหรือสถานเลี้ยงเด็กเพื่อทำความสะอาด หากมีการระบาดให้พ่อแม่หลีกเลี่ยงการพาเด็กเล็กให้ไปอยู่ในที่ชุมชนหรือที่มีคนจำนวนมาก และหลีกเลี่ยงการไปสนามเด็กเล่นและห้างสรรพสินค้า
นอกจากนี้ต้องรักษาสุขอนามัยให้ตัวเอง ครอบครัว และดูแลเรื่องสิ่งแวดล้อมให้เน้นเรื่องการล้างมือ ทำความสะอาดของเล่นและสิ่งแวดล้อม