1. Soy protein-based formula (อาหารทางการแพทย์สูตรโปรตีนจากถั่วเหลือง) ใช้รักษา ผู้ป่วยที่มีภาวะแพ้โปรตีนนมวัวได้ อย่างไรก็ตามในถั่วเหลืองมีโปรตีน β-conglycin และ glycinin ซึ่งเป็นโปรตีนโมเลกุลใหญ่ และสามารถก่อให้เกิดอาการแพ้ได้เช่นกัน จึงมีการแนะนำให้ใช้อาหารทางการแพทย์สูตรโปรตีนจากถั่วเหลืองสำหรับรักษาภาวะแพ้โปรตีนนมวัวในผู้ป่วยที่มีอาการไม่รุนแรง ซึ่งได้แก่ กลุ่มผู้ป่วยที่มีอาการแสดงของภาวะแพ้อาหารแบบเฉียบพลัน ผิวหนังอักเสบภูมิแพ้ที่มีอาการไม่รุนแรง และแนะนำให้ใช้ในทารกอายุมากกว่า 6 เดือนขึ้นไป หากผู้ป่วยรับประทานอาหารทางการแพทย์สูตรโปรตีนจากถั่วเหลืองแล้วไม่ได้ผล แนะนำให้ใช้อาหารทางการแพทย์สูตรเปปไทด์ขนาดเล็กหรือสูตรกรดอะมิโนแทน
2. Extensively hydrolyzed formula (อาหารทางการแพทย์สูตรเปปไทด์สายสั้น) เป็นสูตรอาหารที่ทำให้โปรตีนผ่านกระบวนการย่อยโดยใช้เอนไซม์ ความร้อน หรือกระบวนการ Ultrafiltration เพื่อให้แตกตัวเป็นเปปไทด์สายสั้น ๆ เพราะเนื่องจากภาวะแพ้โปรตีนจากนมวัวนั้น โปรตีนที่ทำให้เกิดอาการแพ้ คือ β-lactoglobulin ดังนั้น การย่อยโปรตีนเป็นเปปไทด์สายสั้น จะทำให้ปริมาณ βlactoglobulin ในนมลดลง ซึ่งจะมีโอกาสกระตุ้นให้เกิดการแพ้ลดลง
3. Amino acid-based formula (อาหารทางการแพทย์สูตรกรดอะมิโน) เป็นสูตรนมที่ประกอบด้วย กรดอะมิโนจำเป็น (essential amino acids) และกรดอะมิโนไม่จำเป็น (non-essential amino acids) ส่วนคาร์โบไฮเดรตมาจาก corn glucose polymer เป็นส่วนใหญ่ และปราศจากน้ำตาลแลคโตส ส่วนไขมันมาจากน้ำมันพืชชนิดต่าง ๆ ซึ่งนมชนิดนี้จะใช้ในผู้ป่วยที่มีอาการแพ้โปรตีนนมวัวอย่างรุนแรง และไม่ตอบสนองต่อการรักษาด้วยนมสูตรเปปไทด์ขนาดเล็ก
4. Modular formula (MF, อาหารทางการแพทย์สูตรที่เตรียมสำหรับผู้ป่วยเฉพาะราย) คือ นมสูตรทางการแพทย์ที่เตรียมสำหรับผู้ป่วยให้เหมาะสมกับโรคแต่ละโรค โดยนมสูตรที่เตรียมสำหรับผู้ป่วยเฉพาะรายที่ใช้ในการรักษาภาวะแพ้โปรตีนนมวัว เช่น นมสูตรโปรตีนจากเนื้อไก่ หรือนมข้าวอะมิโน เป็นต้น
